ഇടുക്കി വണ്ണപ്പുറത്തിന് സമീപം ഞാറക്കാട് സെന്റ് ജോൺസ് ദേവാലയത്തിൽ മൃതദേഹം സംസ്കരിക്കുന്നത് സംബന്ധിച്ച് ഓർത്തഡോക്സ്-യാക്കോബായ സഭാംഗങ്ങള്‍ തമ്മില്‍ തർക്കം. ദേവാലയത്തിലേക്കുള്ള കവാടം അടച്ചതിനാൽ യാക്കോബായ സഭാംഗങ്ങള്‍ക്ക് മൃതദേഹം സെമിത്തേരിയിൽ അടക്കം ചെയ്യാൻ കഴിഞ്ഞില്ല. യാക്കോബായ സഭയുടെ പുതിയ താൽക്കാലിക ദേവാലയത്തിന് സമീപം മൃതദേഹം അടക്കം ചെയ്തു.
ഞാറക്കാട് സെന്റ് ജോൺസ് ദേവാലയത്തിന്റെ യാക്കോബായ ട്രസ്റ്റിയായിരുന്ന കടവൂർ എട്ടപ്പാട്ടുപുത്തൻ പുരയ്ക്കൽ പോൾ വർഗ്ഗീസിന്റെ മൃതദേഹം സംസ്ക്കരിക്കുന്നതിനെ ചെല്ലിയായിരുന്നു സംഘർഷം. വർഷങ്ങൾക്ക് മുമ്പ് തന്നെ ദേവാലയം കോടതി വിധികളുടെ പശ്ചാത്തലത്തിൽ ഓർത്തഡോക്ടസ് സഭക്ക് കൈമാറിയതാണ്. പക്ഷെ യാക്കോബായ ഇടവക അംഗങ്ങൾ മരിച്ചാൽ സെമിത്തേരിയിൽ അടക്കം ചെയ്യാൻ അനുവദിച്ചിരുന്നു. എന്നാൽ ഇത്തവണ ഓർത്തഡോക്സ് വിഭാഗത്തിലെ പുരോഹിതരെ മരണാനന്തര ചടങ്ങുകൾക്ക് കാർമ്മികരാക്കണമെന്ന നിലപാട് ഓർത്തഡോക്ടസ് നേതൃത്വം സ്വീകരിച്ചു. ഇത് അംഗീകരിക്കാൻ യാക്കോബായ വിശ്വാസികൾ തയ്യാറായില്ല. മൃതദേഹവുമായി പള്ളികവാടത്തിലെത്തി അകത്ത് കടക്കാൻ ശ്രമം നടത്തിയെങ്കിലും കഴിഞ്ഞില്ല.
തുടർന്ന് ഏഴ് മാസങ്ങൾക്ക് മുമ്പ് യാക്കോബായക്കാർ സ്ഥാപിച്ച താൽക്കാലിക ദേവാലയത്തിൽ മൃതദേഹം എത്തിച്ച് അന്ത്യകർമ്മങ്ങൾ പൂർത്തിയാക്കി. പള്ളിക്ക് സമീപം തന്നെ ശവക്കുഴിയെടുത്ത് മൃതദേഹം മറവ് ചെയ്തു. സംഘർഷ സാധ്യത കണക്കിലെടുത്തു വൻ പൊലീസ് സന്നാഹമാണ് പള്ളിയിൽ ഉണ്ടായിരുന്നത്.