സംസ്ഥാന സമിതിയിൽ എംവി ഗോവിന്ദനെ പേരെടുത്ത് വിമർശിച്ച് പി. ജയരാജൻ. ഗോവിന്ദന്റെ ആർഎസ്എസ് സൗഹൃദ പരാമർശത്തിലാണ് ജയരാജൻ കടന്നാക്രമിച്ചത്.സാധാരണ അംഗം പോലും നടത്താൻ പാടില്ലാത്ത പരാമർശമാണ് സിപിഎമ്മിന്റെ സംസ്ഥാന സെക്രട്ടറിയില് നിന്നുണ്ടായതെന്ന് ജയരാജന് കുറ്റപ്പെടുത്തി. ആര്എസ്എസുമായി ഒരു കാലത്ത് സൗഹൃദമുണ്ടായിരുന്നുവെന്ന പരാമര്ശമാണ് വിമര്ശനത്തിന് ഇടയാക്കിയത്.
സംസ്ഥാന സെക്രട്ടറിയുടെ പ്രസ്താവന വര്ഗീയ ചേരിതിരിവിന് ഇടയാക്കിയെന്നും നിലമ്പൂരിലെ തോല്വിയുടെ ആക്കം കൂട്ടിയെന്നും ജയരാജന് തുറന്നടിച്ചു. എം.ആർ. അജിത് കുമാറിന് സര്ക്കാര് അനാവശ്യ സംരക്ഷണം നല്കുകയാണെന്നും ജയരാജന് വിമര്ശിച്ചിരുന്നു. എം.വി.ഗോവിന്ദനെ മുഖ്യമന്ത്രി തിരുത്തുകയും ചെയ്തിരുന്നു. ആര്എസ്എസുമായി ഒരു ബന്ധവും ഉണ്ടായിട്ടില്ലെന്നായിരുന്നു മുഖ്യമന്ത്രി തിരുത്തിയത്.
അതേസമയം, ആര്എസ്എസ് പരാമര്ശം വോട്ടുകുറച്ചുവെന്ന വാദങ്ങളെ എം.വി.ഗോവിന്ദന് തള്ളിയിരുന്നു. മുഖ്യമന്ത്രി തന്നെ ശാസിച്ചുവെന്നും കടുത്ത വിമര്ശനം ഉയര്ന്നുവെന്നുമുള്ള വാര്ത്തകള് വ്യാജപ്രചരണമാണെന്നും തന്നെ ആരും വിമര്ശിച്ചിട്ടില്ലെന്നുമായിരുന്നു ഗോവിന്ദന് മാധ്യമങ്ങളോട് വിശദീകരിച്ചത്.