സിസ്റ്റർ അഭയകേസില്‍ മുന്‍ക്രൈംബ്രാഞ്ച് എസ്.പി കെ.ടി മെക്കിളിനെ പ്രതിചേര്‍ത്തു. പ്രാഥമിക അന്വേഷണഘട്ടത്തിൽ തെളിവു നശിപ്പിക്കാൻ കൂട്ടുനിന്നതിനും ഗൂഢാലോചന നടത്തിയതിനുമാണ് സിബിഐ കോടതിയുടെ നടപടി. ജോമാന്‍ പുത്തന്‍ പുരയ്ക്കല്‍ നല്‍കിയ ഹര്‍ജിയിലാണ് മൈക്കിളിനെ നാലാംപ്രതിയാക്കാന്‍ ജഡ്ജി ജെ.നാസര്‍ ഉത്തരവിട്ടത്.
അഭയകേസില്‍ അന്വേഷണം വഴിമുട്ടാന്‍ കാരണം പ്രാഥമിക ഘട്ടത്തില്‍ മൈക്കിള്‍ അടക്കമുള്ളവര്‍ തെളിവ് നശിപ്പിച്ചതാണെന്നായിരുന്നു ഹര്‍ജിയിലെ ആരോപണം. കേസില്‍ വൈദികരായ തോമസ് എം കോട്ടൂർ, ജോസ് പുതൃക്കയിൽ,സിസ്റ്റർ സെഫി എന്നിവരെ പ്രതിയാക്കി സി.ബി.െഎ 2009 ജൂലൈ 17ന് കുറ്റപത്രം സമര്‍പ്പിച്ചിരുന്നു. 1992 മാര്‍ച്ച് 27നാണ് സിസ്റ്റര്‍ അഭയ ദുരൂഹസാഹചര്യത്തില്‍ കൊല്ലപ്പെട്ടത്. ആദ്യം ലോക്കല്‍ പൊലീസ് അന്വേഷിച്ച കേസ് ക്രൈംബ്രാഞ്ചും അതിനുശേഷം സിബിെഎയും എറ്റെടുക്കുകയായിരുന്നു. സബ്ഡിവിഷണൽ മജിസ്ട്േറ്റ് കോടതിയിലെ ജീവനക്കാരടക്കമുള്ളവരെ പ്രതിയാക്കണമന്നും മുൻ സി.ബി.ഐ ഉദ്യോഗസ്ഥൻ വർഗീസ് പി.തോമസിന്റെ വീഴ്ചകൾ അന്വേഷിക്കമെന്നുമായിരുന്നു മൈക്കിളിന്റെ ആവശ്യം. എന്നാല്‍ കോടതി ഇത് പരിഗണിച്ചില്ല. മുൻ കോട്ടയം വെസ്റ്റ് പൊലീസ് സ്റ്റേഷൻ എ.സ്.ഐ ,വി.വി.അഗസ്റ്റിനൻ,മുൻ ക്രൈം ബ്രാഞ്ച് ഡി.വൈ.എസ്.പി കെ.സാമുവൽ എന്നിവരെ തെളിവു നശിപ്പിച്ച കുറ്റത്തിനു സി.ബി.ഐ പ്രതിയാക്കിയിരുന്നു. എന്നാൽ ഇവർ മരണപ്പെട്ടതിനാൽ പ്രതിപ്പട്ടികയിൽ ഉൾപ്പെട്ടിട്ടില്ല.