വഖ്ഫ് ഭേദഗതി നിയമത്തിലെ പ്രധാന വിവാദ വ്യവസ്ഥകള് സുപ്രീം കോടതി സ്റ്റേ ചെയ്തെങ്കിലും ഹര്ജിക്കാര്ക്ക് ആശങ്കകള് ബാക്കിയാണ്. വഖ്ഫ് സ്വത്തുക്കള്ക്ക് റജിസ്ട്രേഷന് നിര്ബന്ധമാക്കിയ വ്യവസ്ഥയ്ക്ക് സ്റ്റേ ഇല്ലാത്തതാണ് പ്രധാന ആശങ്ക. രേഖകളില്ലാത്ത വഖ്ഫ് സ്വത്തുക്കളുടെ റജിസ്ട്രേഷന് ഇനി വെല്ലുവിളിയാകും. ഉപയോഗത്താല് വഖ്ഫായി കണക്കാക്കിയ സ്വത്തുക്കളുടെ ഭാവിയും പ്രതിസന്ധിയിലായി.
വഖ്ഫ് സ്വത്തുക്കള്ക്ക് റജിസ്ട്രേഷന് നേരത്തെയും നിര്ബന്ധമായിരുന്നുവെന്ന് ചൂണ്ടിക്കാട്ടിയാണ് ഈ വ്യവസ്ഥ സ്റ്റേ ചെയ്യണമെന്ന ആവശ്യം സുപ്രീം കോടതി നിരസിച്ചത്. റജിസ്ട്രേഷനില്ലാത്ത വഖ്ഫ് സ്വത്തുക്കള് ഇനി പുതിയ നിയമപ്രകാരം വേണം റജിസ്റ്റര് ചെയ്യാന്. വഖഫ് ദാനം നല്കിയവരുടെ രേഖകള്കൂടിയുണ്ടെങ്കിലേ റജിസ്ട്രേഷന് സാധ്യമാകു. പതിറ്റാണ്ടുകളായി വഖ്ഫായി കണക്കാക്കുന്ന രേഖകളില്ലാത്ത ഭൂമികളുടെ റജിസ്ട്രേഷന് പ്രതിസന്ധിയിലാകും.
വഖ്ഫ് ബോര്ഡിലും കൗണ്സിലിലും പൂര്ണ്ണമായും മുസ്ലീം അംഗങ്ങളാകണം എന്ന ആവശ്യം അംഗീകരിച്ചില്ലെങ്കിലും അമുസ്ലീങ്ങളുടെ നിയമനം പരിമിതപ്പെടുത്തിയത് ഒരു പരിധിവരെ ഹര്ജിക്കാര്ക്ക് ആശ്വാസമാണ്. എന്നാല് വഖ്ഫ് ബൈ യൂസര്, അഥവാ കാലങ്ങളായുള്ള ഉപയോഗത്താല് വഖ്ഫായി കണക്കാക്കപ്പെടുന്ന ഭൂമികള് ഇനി റജിസ്റ്റര് ചെയ്യാനാകില്ല. പുതിയ നിയമപ്രകാരം ഈ വ്യവസ്ഥ പൂര്ണമായി ഇല്ലാതായി. വഖഫ് നല്കുന്നയാള് അഞ്ചുവര്ഷം മുസ്ലീം മതാചാരം പാലിക്കണമെന്ന വ്യവസ്ഥയ്ക്കുള്ള സ്റ്റേ സാങ്കേതികമാണ്. മതാചാരപാലനം നിര്ണയിക്കുന്നതില് സംസ്ഥാന സര്ക്കാരുകള് ചട്ടങ്ങള് രൂപീകരിക്കുന്നതുവരെ മാത്രമാണ് സ്റ്റേയ്ക്ക് സാധുത. ബി.ജെ.പി സര്ക്കാരുകള് തിടുക്കത്തില് ചട്ടങ്ങള് രൂപീകരിച്ച് ഈ സ്റ്റേ മറികടന്നേക്കും. പുരാതന സംരക്ഷിത സ്മാരകങ്ങളുടെ വഖ്ഫ് പദവി നീക്കം ചെയ്യുന്ന വ്യവസ്ഥയ്ക്ക് സ്റ്റേ ഇല്ലാത്തതും ആശങ്കയാണെന്ന് ഹര്ജിക്കാര് പറയുന്നു