സിഎംആർഎൽ–എക്സാലോജിക് കേസിൽ പിണറായി വിജയന്റെ വാദങ്ങളെ ഹൈക്കോടതിയിൽ പിന്തുണച്ച് സംസ്ഥാന സർക്കാർ. ഇഡി സർക്കാരിന് കൈമാറിയത് ഒരു റിപ്പോർട്ട് മാത്രമാണെന്നും സാക്ഷിമൊഴികളോ മറ്റ് അനുബന്ധ രേഖകളോ നൽകിയിരുന്നില്ലെന്നും സർക്കാർ കോടതിയിൽ വ്യക്തമാക്കി. കേസിൽ പിണറായി വിജയനെതിരെ എഫ്ഐആർ രജിസ്റ്റർ ചെയ്യണമെന്ന സിംഗിൾ ബെഞ്ച് ഉത്തരവിനെതിരായ അപ്പീൽ പരിഗണിക്കുമ്പോഴാണ് സർക്കാർ നിലപാട് വ്യക്തമാക്കിയത്. ഹർജിക്കാരനായ കെ.എം. ഷാജഹാന്റെ വിശ്വാസ്യതയെയും ഹർജിയുടെ സ്വഭാവത്തെയും ചോദ്യം ചെയ്തും സർക്കാരും മറ്റ് എതിർകക്ഷികളും കോടതിയിൽ വാദങ്ങൾ ഉന്നയിച്ചു.
പിണറായി വിജയനെതിരെ എഫ്ഐആർ രജിസ്റ്റർ ചെയ്യണമെന്ന സിംഗിൾ ബെഞ്ച് ഉത്തരവിനെ ചോദ്യം ചെയ്ത് പി.എ. മുഹമ്മദ് റിയാസും കോടതിയിൽ വാദങ്ങൾ ഉന്നയിച്ചു. ഹർജി പൊതുതാൽപര്യ ഹർജിയാണെന്ന് നേരത്തെ അറിയിച്ചിരുന്നുവെന്നും അത് പരിഗണിക്കാൻ സിംഗിൾ ബെഞ്ചിന് അധികാരമില്ലെന്നുമാണ് റിയാസിന്റെ വാദം. ഹർജി പരിഗണിക്കേണ്ടത് ചീഫ് ജസ്റ്റിസിന്റെ ബെഞ്ചാണെന്നും അദ്ദേഹം വാദിച്ചു. കേസിൽ സിംഗിൾ ബെഞ്ച് സ്വീകരിച്ച നടപടിയുടെ നിയമസാധുതയാണ് ഇതിലൂടെ ചോദ്യം ചെയ്യപ്പെട്ടത്. ഹർജിക്കാരനായ കെ.എം. ഷാജഹാനെ അഴിമതിക്കെതിരെ ശബ്ദമുയർത്തുന്ന വ്യക്തിയായി കാണാനാവില്ലെന്ന് സർക്കാരും മറ്റ് എതിർകക്ഷികളും കോടതിയിൽ വാദിച്ചു.
മൂന്ന് ഹൈക്കോടതി ജഡ്ജിമാർക്കെതിരെ ഷാജഹാൻ നേരത്തെ പ്രതികൂല പരാമർശങ്ങൾ നടത്തിയിരുന്നുവെന്നും പിന്നീട് മാപ്പപേക്ഷിച്ച് നടപടികളിൽനിന്ന് ഒഴിവായെന്നും അഡ്വക്കേറ്റ് ജനറൽ കോടതിയെ അറിയിച്ചു. ഷാജഹാന്റെ ഹർജിയുടെ വിശ്വാസ്യതയും പൊതുതാൽപര്യ ഹർജിയായി അത് പരിഗണിക്കാനാകുമോയെന്ന കാര്യവും വാദത്തിനിടെ ഉയർന്നു. ഷാജഹാൻ സമർപ്പിച്ച ഹർജി പൊതുതാൽപര്യ ഹർജിയാണെന്ന് സിംഗിൾ ബെഞ്ച് നിരീക്ഷിച്ചിരുന്നുവെന്നും ഹൈക്കോടതി രജിസ്ട്രിയും ഹർജിയിൽ എതിർപ്പുയർത്തിയിരുന്നുവെന്നും കോടതിയിൽ ചൂണ്ടിക്കാട്ടി. അഴിമതിക്കെതിരെ നിയമനടപടി ആവശ്യപ്പെടുന്നതിന് മുമ്പ് ഷാജഹാൻ മജിസ്‌ട്രേറ്റ് കോടതിയെ സമീപിച്ചിരുന്നില്ലെന്നും എതിർകക്ഷികൾ വാദിച്ചു.