മുന് ചീഫ് ജസ്റ്റിസ് എസ്. മണികുമാറിനെ മനുഷ്യാവകാശ കമ്മിഷന് അധ്യക്ഷനാക്കണമെന്ന സര്ക്കാരിന്റെ ആവശ്യത്തില് ഗവര്ണര് ഉടന് അനുകൂല തീരുമാനമെടുക്കില്ല. കണ്ണൂര് വിസി കേസിലെ സുപ്രീം കോടതി വിധി ജസ്റ്റിസ് മണികുമാറിനുകൂടി ഏറ്റ തിരിച്ചടിയായാണ് രാജ്ഭവന്വിലയിരുത്തുന്നത്. സര്ക്കാരിനെ എസ്. മണികുമാര് അന്ധമായി പിന്തുണച്ചു എന്ന പരാതിയും ഗവര്ണര്ക്കുണ്ട്.
എസ്.മണികുമാര് ഹൈക്കോടതി ചീഫ് ജസ്റ്റിസ് ആയിരുന്നപ്പോള് സര്വകലാശാലകളുമായി ബന്ധപ്പെട്ട എല്ലാ കേസുകളിലും ഗവര്ണര്ക്ക് തിരിച്ചടി നേരിട്ടിരുന്നു. കണ്ണൂര്വിസി നിയമനം സംബന്ധിച്ച കേസില് രാജ്ഭവന്റെ നിലപാട് ജസ്റ്റിസ് മണികുമാര് അധ്യക്ഷനായ ബഞ്ച് തള്ളിയിരുന്നു. സുപ്രീം കോടതി കണ്ണൂര്വിസി നിയമനം റദ്ദാക്കിക്കൊണ്ട് പുറപ്പെടുവിച്ച് വിധി യഥാര്ഥത്തില് ഹൈക്കോടതിക്കുകൂടി കിട്ടിയ തിരിച്ചടിയായാണ് രാജ്ഭവന്വിലയിരുത്തുന്നത്. മാത്രമല്ല വിരമിക്കുന്നതിന് തൊട്ടുമുന്പ് കീഴ്്്വഴക്കങ്ങള്ലംഘിച്ച് മുഖ്യമന്ത്രി എസ് മണികുമാറിന് കോവളത്തുവെച്ച് യാത്രഅയപ്പ് വിരുന്ന് നല്കിയതും വിവാദമായിരുന്നു.
അദ്ദേഹത്തെ മനുഷ്യാവകാശ കമ്മിഷന് അംഗമാക്കാനുള്ള നീക്കത്തെ , ചെയര്മാനെ നിശ്ചയിക്കുന്ന സമിതിയിലെ അംഗമായ പ്രതിപക്ഷനേതാവ് എതിര്ത്തിരുന്നു. പ്രതിപക്ഷ നേതാവിന്റെ വിയോജന കുറിപ്പോടെയാണ് ഫയല്രാജ്ഭവനിലുള്ളത്. ഇതെല്ലാം കണക്കിലെടുത്താണ് നിയമനം തടയുക അല്ലെങ്കില്പരമാവധി നീട്ടുക എന്ന തീരുമാനത്തില് ഗവര്ണര് ഉറച്ചു നില്ക്കുകയാണ്. രാജ്ഭവനിലിരിക്കുന്ന നിയമങ്ങളിലും തിരക്കിട്ട് ഗവര്ണര് തീരുമാനമെടുക്കില്ല. ഭൂപതിവ് ചട്ടഭേദഗതി നിയമസഭ ഏകകണ്ഠമായി പാസാക്കിയതാണ്. എങ്കിലും ഇത് കേന്ദ്ര നിയമങ്ങള്ക്ക് എതിരാണെന്നുള്പ്പെടെയുള്ള ഒരുപറ്റം പരാതികള് ഗവര്ണര്ക്ക് മുന്നിലുണ്ട് ഈ നിയമത്തിന് അനുമതി നല്കുന്നതും വൈകാനാണ് സാധ്യത.