കേന്ദ്ര–സംസ്ഥാന സര്‍ക്കാരുകള്‍ കയ്യൊഴിഞ്ഞതോടെ നിഷിന്റെ പ്രവര്‍ത്തനം പ്രതിസന്ധിയില്‍. സര്‍ക്കാര്‍ അംഗീകാരം ലഭ്യമാകാത്തതിനാല്‍ പുതിയ കോഴ്സുകളും നടത്താനാകുന്നില്ല. ശ്രവണ, ശബ്ദ പരാധീനതയുള്ള കുട്ടികള്‍ക്കുള്ള കോഴ്സുകളും, അധ്യാപകര്‍ക്കുള്ള പരിശീലനവുമാണ് തിരുവനന്തപുരത്തെ കേന്ദ്രത്തില്‍ നടത്തുന്നത്.
കേന്ദ്ര സര്‍വകലാശാലയാക്കാമെന്നായിരുന്നു ആദ്യ വാഗ്ദാനം,കരട് ബില്ലിനുവരെ രൂപം നല്‍കി കേന്ദ്രം പിന്നോട്ടു പോയപ്പോള്‍ സര്‍വകലാശാലയാക്കാമെന്നു സംസ്ഥാനം വാഗ്ദാനം നല്‍കി. രണ്ടും പാഴ്്വാക്കായി. ഇതോടെ ഭിന്നശേഷിക്കാര്‍ക്ക് ആശ്രയമായിരുന്ന നിഷിന്റെ നിലനില്‍പ് തന്നെ പ്രതിസന്ധിയിലായി. ശബ്ദ ,ശ്രവണ പരാധീനതയുള്ളവര്‍ക്ക് സംസാര പരിശീലനം നല്‍കുക , ബധിരത തുടക്കത്തിലേ കണ്ടുപിടിക്കുന്നതിനുള്ള കോഴ്സുകള്‍ ഇവയാണ് നിഷില്‍ നടത്തുന്നത്.
12 വര്‍ഷമായി നടത്തിവരുന്ന കോഴ്സുകള്‍ പോലും തുടര്‍ന്നു നടത്താനാകാത്ത പ്രതിസന്ധിയിലാണ് സ്ഥാപനം. അടിയന്തര ഇടപെടലുണ്ടായില്ലെങ്കില്‍ വലിയ ഉദ്ദ്യേശ്യത്തോടെ തുടങ്ങിയ മികച്ച സ്ഥാപനം ഇല്ലാതാകുന്നതിനു ഇടവരുത്തും.