വിജിലൻസ് കേസ് നടത്തിപ്പിനെ ചൊല്ലി ഹൈക്കോടതിയിൽ സ്പെഷൽ പ്രോസിക്യൂട്ടറും സർക്കാർ അഭിഭാഷകരും തമ്മിൽ ഏറ്റുമുട്ടൽ. സ്പെഷൽ പ്രോസിക്യൂട്ടറെ നിയോഗിച്ചത് വിജിലൻസ് കോടതികളിലേക്കെന്ന് സർക്കാർ അഭിഭാഷകർ നിലപാടെടുത്തപ്പോൾ, ഏതുകോടതിയിലും ഹാജരാകാൻ അവകാശമുണ്ടെന്ന് പ്രോസിക്യൂട്ടറും വ്യക്തമാക്കി. ബാർകോഴക്കേലെ തുടരന്വേഷണ ഹർജിയിലാണ് നാടകീയ രംഗങ്ങളുണ്ടായത് .
സർക്കാർ അഭിഭാഷകരെ മറികടന്ന് സ്പെഷൽ പ്രോസിക്യൂട്ടർമാർ ഹൈക്കോടതിയിൽ ഹാജരാകുന്നതിലെ അതൃപ്തിയാണ് ബാർകോഴക്കേസിലെ തുടരന്വേഷണം റദ്ദാക്കണമെന്ന കെ എം മാണിയുടെ ഹർജിയിൽ പ്രകടമായത്. ഒരു ഹർജിയിൽ വിജിലൻസിന്റതായി രണ്ട് പത്രികകൾ . രണ്ടും ഒരേ അന്വേഷണ ഉദ്യോഗസ്ഥൻവക. ആദ്യത്തേത് വിജിലൻസ് സ്പെഷൽ പ്രോസിക്യൂട്ടർ കെപി സതീശൻ വഴിഫയൽ ചെയ്തപ്പോൾ രണ്ടാമത്തേത് പ്രോസിക്യൂഷൻസ് ഡയറക്ടർ ജനറലിന്റെ നിർദേശ പ്രകാരം ഫയൽ ചെയ്തു. ഒരേ വിഷയത്തിൽ രണ്ടുപത്രികകൾ നൽകിയ അന്വേഷണ ഉദ്യോഗസ്ഥന്റെ നിലപാട് നിരുത്തരവാദപരമെന്ന് ഹൈക്കോടതി നിലപാടെടുത്തു . ഡിജിപി നിർദേശിച്ച പ്രകാരമാണ് രണ്ടാമതും പത്രിക നൽകിയതെന്ന് സ്പെഷൽ പ്രോസിക്യൂട്ടർ കോടതിയെ അറിയിച്ചു. സ്പെഷൽ പ്രോസിക്യൂട്ടറെ നിയമിച്ചത് വിജിലൻസ് കോടതികളിലേക്കാണെന്ന് സർക്കാരിനുവേണ്ടി ഹാജരായ അഭിഭാഷകൻ തിരിച്ചടിച്ചു.
ഈ സമയം സ്പെഷൽൽ പ്രോസിക്യൂട്ടർ നിയമന ഉത്തരവ് ഹൈക്കോടതിക്ക് കൈമാറി. കിളിരൂർ ഐഎസ്ആർഒ കേസുകളിലും സ്പെഷൽ പ്രോസിക്യൂട്ടറെന്ന നിലയിൽ താൻ ഹൈക്കോടതിയിൽ ഹാജരായിട്ടുണ്ടെന്ന് അദ്ദേഹം വ്യക്തമാക്കുകയും ചെയ്തു. സ്പെഷൽ പ്രോസിക്യൂട്ടർ നിയമനം സംബന്ധിച്ച് വിശദമായ പത്രിക സമർപ്പിക്കാൻ സർക്കാരിന് നിർദേശം നൽകിയാണ് ഹൈക്കോടതി ഇന്നത്തെ വാദം അവസാനിപ്പിച്ചത്. നേരത്തെ ജിഷ്ണു കേസിൽ നെഹ്റു ഗ്രൂപ്പ് ചെയർമാൻ പി കൃഷ്ണദാസിന്റെ ജാമ്യഹർജി പരിഗണിച്ചപ്പോഴും ഡിജിപിയെ ഒഴിവാക്കി സർക്കാർ സ്പെഷൽ പ്രോസിക്യൂട്ടറായ സിപി ഉദയഭാനുവിനെ നിയോഗിച്ചിരുന്നു