കോവളം കൊട്ടാരം സംബന്ധിച്ച വിജിലന്സ് കേസും അന്വേഷണവും യുഡിഎഫ് സർക്കാരിന്റെ കാലത്ത് അട്ടിമറിക്കപ്പെട്ടു. വിജിലൻസ് അന്വേഷണത്തിൽ കുറ്റക്കാരെന്ന് കണ്ടെത്തിയ ജില്ലാകലക്ടർ ഉൾപ്പെടെയുള്ളവർക്കെതിരെയുള്ള അന്വേഷണം 2012 ൽ പെട്ടെന്ന് അവസാനിപ്പിക്കുകയായിരുന്നു. ഡപ്യൂട്ടി ഡയറക്ടര് ഒഫ് പ്രോസിക്യൂഷന്റെ നിയമോപദേശമനുസരിച്ചാണ് കേസ് പിന്വലിക്കുന്നതെന്നായിരുന്നു സർക്കാരിന്റെ വിശദീകരണം.
2012 ഒാഗസ്റ്റ് മാസത്തിലാണ് തിരുവനന്തപുരം മുൻ കലക്ടർ ശാരദാ മുരളീധരൻ, നെയ്യാറ്റിന്കര ഡെപ്യൂട്ടി തഹസീല്ദാര് എസ്.ഷാഹുല് ഹമീദ് എന്നിവർക്കെതിരെ കോവളം കൊട്ടാരം സംബന്ധിച്ച് വിജിലൻസ് കേസ് രജിസ്റ്റർ ചെയ്തത്. ഗുരുതരമായ കുറ്റങ്ങൾ വിജിലൻസ് സംഘം കണ്ടെത്തിയിട്ടും, വെറും നാല്മാസത്തിനകം കേസ് അവസാനിപ്പിക്കാനുള്ള അപേക്ഷ തിരുവനന്തപുരം വിജിലന്സ് കോടതിയിൽ നൽകി യുഡിഎഫ് സർക്കാർ അന്വേഷണം അവസാനിപ്പിച്ചു.
2000 ൽ കോവളം കൊട്ടാരവും 25 ഹെക്ടർ ഭൂമിയും കേന്ദ്രസർക്കാർസ്ഥാപനമായ ഐടിഡിസിക്ക് പോക്കുവരവ് ചെയ്ത് കൊടുത്തതിലെ നിയമസാധുതയാണ് വിജിലൻസ് അന്വേഷിച്ചത്. കലക്ടറായിരുന്ന ശാരദാമുരളീധരന്, ഡെപ്യൂട്ടി തഹസീല്ദാര് എസ്.ഷാഹുല് ഹമീദ് എന്നിവർ ഒൗദ്യോഗിക പദവി ദുരുപയോഗം ചെയ്തു, ക്രിമിനൽഗൂഢാലോചന നടത്തി, നിയമവിരുദ്ധമായി പ്രവർത്തിച്ചു എന്നാണ് അന്വേഷണ സംഘം കണ്ടെത്തിയത്. സർക്കാർ നിർദ്ദേശം ഇല്ലാതെയാണ് ഇത്രയും വിലമതിപ്പുള്ള ഭൂമിയും പുരാവസ്തു മൂല്യമുള്ള കൊട്ടാരവുംഐടിഡിസിയുടെ മാനേജരുടെ പേരിലേക്ക് തിടുക്കപ്പെട്ട് പോക്കുവരവ് ചെയ്ത് കൊടുത്തതെന്നും അന്വേഷണത്തിൽ തെളിഞ്ഞു. നിയമവിരുദ്ധമായി ഐടിഡിസിക്ക് നൽകിയഭൂമി, അവർപിന്നീട് സ്വകാര്യവ്യക്തിക്ക് കൈമാറിയതും നിയമവിരുദ്ധമാണെന്നായിരുന്നു വിജിലൻസിന്റെ നിഗമനം. ഈ കേസാണ് ഡെപ്യൂട്ടി ജനറൽ ഓഫ് പ്രോസിക്യൂഷന്റെ നിയമോപദേശം മാത്രം വാങ്ങി അവസാനിപ്പിച്ചത്. ഇതോടെ കൊട്ടാരം സംബന്ധിച്ച എല്ലാ അന്വേഷണവും അട്ടിമറിക്കപ്പെട്ടു.