മുല്ലപ്പെരിയാർ സെല്ലിന്റെ അധ്യക്ഷ സ്ഥാനം അന്തർ സംസ്ഥാന നദീജല പ്രശ്നങ്ങളിലെ വിദഗ്ധനായ എം.കെ.പരമേശ്വരൻ നായർ രാജി വെച്ചു. നദീജല ഉപദേശക സമിതി അധ്യക്ഷ സ്ഥാനത്തു നിന്ന് അറിയിപ്പില്ലാതെ ഒഴിവാക്കിയതിനെ തുടർന്നാണ് രാജി. നദീജല തർക്കങ്ങളിസും കരാറുകളിലും വിദഗ്ധനായ എം.കെ. പരമേശ്വരൻനായരെ അന്തർസംസ്ഥാന നദീജലം സംബന്ധിച്ച ഉപദേശക സമിതിയിൽ നിന്ന് സർക്കാർ പൊടുന്നനെ ഒഴിവാക്കുകയായിരുന്നു. സമിതി പുനഃസംഘടിപ്പിച്ചപ്പോൾ ഇത് വരെ അധ്യക്ഷന്റെ ചുമതല വഹിച്ചിരുന്ന അദ്ദേഹത്തെ, അംഗമായി പോലും ഉൾപ്പെടുത്തിയില്ല. രണ്ട് ആഴ്ച്ച മുമ്പ് മുൻ അഡീഷനൽ ചീഫ് സെക്രട്ടറി വി.ജെ.കുര്യൻ അധ്യക്ഷനായി അന്തർ സംസ്ഥാന നദീജല ഉപദേശക സമിതി സർക്കാർ പുനസംഘടിപ്പിരുന്നു.
ചെയർമാന്റെ ചുമതല വഹിച്ചിരുന്ന പരമേശ്വരൻ നായരെ സമിതിയിൽ നിന്ന് ഒഴിവാക്കുകയാണെന്ന് അറിയിച്ചുമില്ല. ഇതെ തുടർന്നാണ് മുല്ലപ്പെരിയാർസെല്ലിന്റെ അധ്യക്ഷസ്ഥാനത്തും തുടരാനില്ല എന്ന് പരമേശ്വരൻനായർ തീരുമാനിച്ചത്. രാജിക്കത്ത് മുഖ്യമന്ത്രിക്കും ജലവിഭവ മന്ത്രിക്കും നൽകി. അദ്ദേഹത്തിന്റെ പ്രവർത്തനത്തിൽ ഈ സർക്കാരോ മുൻസർക്കാരോ ഒരു അതൃപ്തിയും രേഖപ്പെടുത്തിയിരുന്നില്ല. എന്നാൽ ഉപദേശക സമിതിയിൽ നിന്ന് ഒഴിവാക്കിയത് ഒരു സൂചനയായി കണ്ടാണ് അദ്ദേഹം മുല്ലപ്പെരിയാർ സമിതിയുടെ സ്ഥാനം കൂടിവേണ്ടെന്ന് വെച്ചത്. 21 വർഷമായി അദ്ദേഹം ഈ ചുമതല വഹിച്ചു വരികയായിരുന്നു. മുല്ലപ്പെരിയാർ, പറമ്പിക്കുളം ആളിയാർ തർക്കങ്ങളിൽ എം.കെ.പരമേശ്വരൻനായരുടെ ഇടപെടലുകൾ കേരളത്തിന്റെ താൽപര്യങ്ങൾസംരക്ഷിക്കുന്നതിൽ സഹായകമായിരുന്നു.