ജേക്കബ് തോമസിനെ വിജിലൻസ് ഡയറക്ടർസ്ഥാനത്ത് നിന്ന് നീക്കി. മുഖ്യമന്ത്രി നിർദ്ദേശിച്ച പ്രകാരം അദ്ദഹം അവധിയിൽ പ്രവേശിച്ചു. ജേക്കബ് തോമസിന്റെ പ്രവർത്തന രീതിയിൽസിപിഎമ്മിനുള്ള അതൃപ്തിയാണ് മാറ്റത്തിന് പിന്നിൽ എന്നാണ് സൂചന. ഡിജിപി ലോക്നാഥ് ബെഹ്റക്ക് വിജിലൻസിന്റെ അധിക ചുമതല കൂടി നൽകി.
മുഖ്യമന്ത്രി നേരിട്ട് നിർദ്ദേശിച്ചതിനെ തുടർന്നാണ് , വിജിലൻസ് ഡയറക്ടർ ജേക്കബ് തോമസ് അവധിഅപേക്ഷ നൽകിയത്.സിപിഎമ്മിനുള്ളിൽ നിന്നുള്ള അതൃപ്തിയും ഹൈക്കോടതിയുടെ ആവർത്തിച്ചുള്ള വിമർശനവുമാണ് വിജിലൻസ് ഡയറക്ടർ സ്ഥാനത്ത് നിന്ന് ജേക്കബ് തോമസിന് പുറത്തേക്കുള്ള വഴി കാണിച്ചത്. ഇ.പി.ജയരാജൻ ബന്ധു നിയമനകേസ്, ടി.പി.ദാസൻ ഉൾപ്പെട്ട സ്്പോര്ട്ട്സ് ലോട്ടറി കേസ്, കെ.എം.മാണി പ്രതിസ്ഥാനത്തുള്ള ബാർകോഴ എന്നിവ സംബന്ധിച്ച് ജേക്കബ് തോമസ് ചില കടും പിടുത്തങ്ങൾ മുന്നോട്ട് വെച്ചു. ഇ.പി.ജയരാജനെതിരെ ,അഴിമതി നടത്തി എന്ന പറയുന്ന വകുപ്പു പ്രകാരമാണ് കേസെടുത്തത്. ഇത് അഴമതിക്ക് ശ്രമിച്ചു എന്നവകുപ്പിലേക്ക് മാറ്റിക്കൂടെ എന്ന ചോദ്യത്തിന് അനുകൂല നിലപാടല്ല വിജിലൻസ് ഡയറക്ടർ സ്വീകരിച്ചത്. എം. വി.ജയരാജൻ ഇടപെട്ട് ശ്രമിച്ചിട്ടുപോലും ജേക്കബ് തോമസ് വഴങ്ങിയില്ല. ഇത് സിപിഎമ്മിനുള്ളിൽകടുത്ത അതൃപ്തി സൃഷ്ടിച്ചു. വിജിലൻസ് ഡയറക്ടറെ ഉടനെ മാറ്റണമെന്ന്് പാർട്ടി മുഖ്യമന്ത്രിയോട് പറയുകയായിരുന്നു.
ഇങ്ങനെ പറഞ്ഞിരുന്ന മുഖ്യമന്ത്രിക്ക് പാർട്ടിയുടെ നിലപാടും കോടതിയുടെ വിമർശനവും അവഗണിക്കാൻകഴിയത്ത സ്ഥിതി വന്നു. സിപിഎം സംസ്ഥാന സെക്രട്ടേറിയറ്റിനും സംസ്ഥാന കമ്മിറ്റിക്കും പിന്നാലെയാണ് ജേക്കബ് തോമസിന്റെ കാര്യത്തിൽ മുഖ്യമന്ത്രി തീരുമാനമെടുത്തത്.